Das sechzehnte und siebzehnte Jahrhundert bilden das goldene Zeitalter der Geschichte von Garachico. Der Hafen wurde zum wichtigsten der Insel. Zur Sicherung des Hafens gegen englische Freibeuter und anderer Feinde wurde der Hafen mit dem Castillo de San Miguel befestigt. Das aus heutiger Sicht recht klein wirkende Kastell kann gegen Eintritt (€ 2,-) besichtigt werden. Es zeigt in Bildern und Texten die Historie von Garachico, allerdings sind die Texte nur auf Spanisch abgebildet. Vom oberen Stock aus, gute Sicht über den Hafen sowie den Naturschwimmbädern Piscinas Naturales de El Caletón.

1645 führte eine große Sturmflut zum Verlust von 40 Handelsschiffen und 1697 verwüstete eine Feuersbrunst die Stadt wobei 100 Häuser zerstört wurden. Das Aus für die Stadt und ihren wichtigen Handelshafen war jedoch der Ausbruch des Vulkans Garachico am 5. Mai 1706. Der oberhalb des Ortes an der Montaña Negra gelegene Volcán Garachico führte die Lavamassen durch das Dorf und verschüttete den Hafen. Als Folge zogen die Händler nach Puerto de la Cruz. Mit dem Verlust der wirtschaftlichen Basis emigrierten vieler Einwohner nach Südamerika.